Saat penerbangan balik yakni dari Kendari menuju Jakarta, pilot meminta izin ke kopilot untuk bergantian istirahat. Pilot pun terbangun pukul 01.22 UTC atau 09.22 waktu lokal, ketika bangun pilot menawarkan kopilot apakah mau tidur juga, kemudian kopilot menjawab bahwa dia tidak ingin istirahat.

“Dan kemudian PIC (pilot) melanjutkan tidurnya,” tulis KNKT.

Saat pilot kembali tidur, kopilot yang mengambil alih tugas pilot, meminta Pusat Kontrol Area atau Area Control Center (ACC) Makassar untuk terbang menuju 250 derajat. ACC Makassar menginstruksikan pesawat untuk menghubungi ATC Jakarta atau ACC Jakarta.

Pukul 01.43.42 UTC, kopilot readback (prosedur penerbangan membaca kembali) instruksi Area Control Center (ACC) Jakarta. Namun beberapa saat kemudian, kopilot ini tertidur secara tidak sengaja.